独立電源用太陽電池モジュールと発電用太陽電池モジュールは何が違いますか？

出力電圧が違います。
独立電源用太陽電池モジュールは、独立電源システムが組みやすいように電圧を考慮して設計されています。定格電圧１２Ｖを考慮して製品化されたものが一般的です。
発電用太陽電池モジュールは、パネル複数枚を直並列に接続して使用します。パワーコンディショナの入力条件に合うように設計されています。そのため独立用電源システムの機器とは一般的に接続条件が合致しません。
ただし、ＭＰＰＴ回路内蔵のチャ－ジコントローラを使用して独立電源システムに利用することも可能です。